글_김철훈(누리세무그룹 대표세무사)

때는 바야흐로 2010년, 공무원인 나이사 씨는 열심히 일을 하며 모은 돈으로 서울에서 내 집을 장만했다.

이후 2018년 5월, 나이사 씨가 근무하고 있는 공공기관이 세종시로 이전을 하게 되었다. 나이사 씨는 출퇴근을 위하여 세종시에 또 다른 새로운 주택을 분양받았고, 3년 뒤인 21년 4월에 새로운 주택이 완공(취득)되어 이사를 하였다. 이제 나이사 씨는 서울에 보유하고 있는 집을 언제까지 양도해야 1세대1주택 비과세(일시적 2주택)를 받을 수 있을지 고민이다.

나이사 씨처럼 수도권에 내 집을 가지고 직장에 잘 다니고 있는데 본인이 근무하고 있는 공공기관 등이 세종시로 이전을 하게 되어 부득이하게 세종시에 주택을 취득하는 경우에는 2주택자가 된다.

이런 일시적 2주택자가 기존에 보유하고 있는 서울 집을 언제까지 양도하여야 일시적 2주택 비과세 혜택을 받을 수 있는지에 대한 답변이 기획재정부와 국세청, 일선 세무서의 해석이 제각각이었다. 그로 인하여 세종시 특별공급 분양자의 일시적 1세대 2주택 양도소득세 비과세 규정 적용에 혼란이 있었다.

먼저, 당시 법령의 주요한 내용을 살펴보면 다음과 같다.

이에 따라 세종시에 발령받아 이전한 사람들을 과연 제155조 ⑯항을 적용하여 이사를 위한 일시적 1세대 2주택의 혜택기간이 5년인지 아닌지에 대한 논의가 꾸준하게 제기되어 왔다. 예를 들어 서울시에 기존의 주택을 보유하고 있고 세종시에 신규 주택을 취득한 경우를 보자. 서울시와 세종시는 둘 다 조정지역이다. 이럴 경우 2호를 적용하여 1년(현재는 2년)*을 적용한다면 ⑯항에 나와 있는 5년은 적용할 수 없다. 왜냐하면 ⑯항에는 ‘3년’을 ‘5년’으로 본다고 적혀 있지, ‘1년’을 ‘5년’으로 본다고 적혀 있지 않기 때문이다.

이와는 반대로 법의 취지를 놓고 보면 이전하는 기관의 직원들의 정주 여건을 고려하여 세종시 등의 일시적 2주택 기간을 늘려주자는 취지였기 때문에 조정 대상지역 여부와 관계없이 5년으로 봐야 한다는 게 당시 기획재정부의 해석이었다. 이후 기획재정부는 1년으로 정정하였다. 지난 2021년 10월 12일 세종시 이전 기관 특별공급 분양자의 일시적2주택 처분기한은 다른 조정 지역과 마찬가지로 ‘1년 내’에 해당하는 기재부의 공식 해석을 발표하였다.

결론적으로 정부는 세종 특별공급을 받은 공무원에게 상대적으로 유리한 일시적 1가구 2주택 양도소득세 비과세 혜택을 인정하지 않기로 했다. 이에 따라 세종시 공무원 특별공급 관련 양도세 특혜도 사라진 셈이다. 현재까지 나와 있는 기획재정부의 해석을 살펴보면 다음과 같다.
[기획재정부 재산세제과-884(2021. 10. 12)]

[ 사례 1 ]

「2018. 9. 13. 이전」에 신규주택(분양권 포함) 계약 시 일시적 2주택 허용기간

2021. 1. 14.(신규주택 취득일)부터 3년

[ 사례 2 ]

「2018. 9. 14.~2019. 12. 16. 사이」에 신규주택(분양권 포함) 계약 시 일시적 2주택 허용기간

2021. 1. 14.(신규주택 취득일)부터 2년

[ 사례 3 ]

「2019. 12. 17. 이후」에 신규주택(분양권 포함) 계약 시 일시적 2주택 허용기간

2021. 1. 14.(신규주택 취득일)부터 1년(현재는 2년)*

특공 당첨 시기가 2018년 9월 13일(9·13대책) 이전이라면 3년 내, 2018년 9월 14일~2019년 12월 16일(12·16대책) 사이라면 2년 내, 그 이후라면 1년 내 기존 수도권 주택을 처분해야 일시적 2주택으로 양도세 비과세 혜택을 받을 수 있다(현재는 2년)*.

* 새 정부 수립 후 개정(1년→2년)되어, 2022. 5. 10. 이후 처분부터는 2년임.

※ 본 내용은 사례를 단순화하여 설명한 필자의 의견이므로 최종의사 결정을 하기 전 반드시 최신 법령과 예규를 검토하고 세법전문가와 상의 후 의사결정을 하여야 합니다.